朝中的爭執主要集中在兩個方麵：一是對於劉綎提出的加強安集延防禦和請求更多支援的請求，有的大臣認為應當全力支持，以確保西域的穩定；而另一些大臣則擔心過度投入會導致國庫空虛，主張謹慎行事。
二是關於是否應該追擊布日哈圖的問題，有的大臣認為應當趁機擴大戰果，徹底消除西域的威脅；而另一些大臣則認為應當遵守既定的戰略，避免不必要的風險。
兩個方麵，四種聲音，其實說起來都是各有道理的。
加強安集延的防禦，好處就是可以提前達成高務實在戰前做出的最佳構思。即以伊犁盆地與費爾乾納盆地為西域的兩個力量犄角，做出隨時對外投射軍力威脅的進攻態勢，形成某種以攻代守卻又蓄勢不發的戰略優勢。
壞處則是現在從喀什噶爾通往安集延的道路很成問題，造成運輸成本過高、費爾乾納盆地防線建立耗費太大、太久，可能會麵臨布日哈圖反戈一擊的戰略威脅。假如出現最壞的情況——布日哈圖反擊且確實擊敗了後勤困難的明軍，那麼朝廷的前期投入就全打了水漂，而這個前期投入肯定不會小。
綜合來看，積極加強安集延防禦和增派援軍麵臨的現實是：一旦成功，收益非常大，能夠一舉達成“西域計劃”的戰略目標；一旦失敗，風險也很大，而損失可能更大。因為明軍在西域目前尚無敗績，如果在安集延戰敗，各種妖魔鬼怪就都可能浮出水麵，讓整個西域的守備和治理難度都出現陡增。
所以在這種情況下，支持加強安集延防禦的朝臣可以被看做是“樂觀派”，他們既看好朝廷在財政、物資、運輸等方麵的餘力，也看好劉綎及所部的戰鬥力，認為他能守穩目前並不牢靠的安集延。
相應的，反對現在就占領安集延並大舉投入的朝臣則可看做是“悲觀派”或者“審慎派”，他們主張見好就收，不要搞這種危險舉動，以免萬一失敗損失太大。在他們看來，大明現在正值中興，國力蒸蒸日上，隻要穩紮穩打，將來拿下安集延並不困難，因此不必操之過急。
至於追擊布日哈圖，這件事就更加需要小心謹慎了。明軍不同於蒙軍，在對後勤的依賴程度方麵，二者差彆不可以道裡計。
明軍的吃穿用度、戰場消耗的補充幾乎全部依賴於後勤運輸，而喀什噶爾到安集延的道路不僅本就難走，有時候甚至還要看老天爺的臉色，這就更添了幾分不確定性。
相反，察哈爾部蒙軍是舉族西遷式的進軍，隻要每次都有落腳點，他們就不缺補養，因此他們可以拖著明軍不斷西進，直到明軍徹底喪失補充能力，然後他們再從容不迫地反戈一擊。
彼時的明軍則早就被拖到筋疲力儘，麵對蒙軍的回馬槍怕是隻能等死——這就成了戰略上的一次“曼古歹”。
支持追擊的朝臣認為，明軍一路大勝，布日哈圖幾乎不敢交戰，可見察哈爾部要麼是已然損失巨大，要麼就是因為部落人口有限，根本不敢損失。
因此，隻要明軍敢追，布日哈圖就不敢接戰。在這種情況下，劉綎繼續西進，運氣好的話還能拿下更多地區，即使運氣不好，那也是“以攻代守”，實際上確保了後方安集延的安全。
反對追擊的朝臣則認為，按照元輔在戰前提出的戰略，打下安集延就已經是極限了，再繼續追擊不僅毫無意義，而且麵臨巨大的風險，根本沒有必要。
為什麼這麼說呢？因為高務實在戰前就已經充分論證過明軍的補給能力，最多也就能支持打到安集延，再往西進兵就根本沒有足夠的維持能力。
要知道，整個西域都是剛剛拿下的，連西域都護府都尚在籌備階段，大明在西域的穩定統治都還沒有建立呢，繼續西征純屬浪戰。
在這場爭執中，高務實的態度顯然最為關鍵。作為內閣首輔，尤其是力排眾議、主導了整個西域計劃的他，毫無疑問擁有最大的話語權。
他的態度將直接影響朝廷的最終決定，因為即使皇帝也必須充分尊重一個事實：目前西征軍所有的行動、所有的戰果，都是建立在高務實的計劃、決策和指揮之上的。在他之下，王庭撰、劉綎、熊廷弼等人都隻是決策的執行者。
高務實深知西域的重要性，也清楚布日哈圖的野心和能力。他當然也擔心布日哈圖順利擊敗布哈拉汗國，在西域完成“重建蒙古”的大業，一如當年耶律大石在西域重建了大遼一般。
這其實是真有成功可能的，因為以布日哈圖的能力和察哈爾部的實力，隻要他們擊敗布哈拉汗國，下一步就可以擊敗希瓦，然後再收拾哈薩克。到了這一步，布日哈圖甚至就能與位於他南方的薩菲波斯、莫臥兒帝國來個三足鼎立！
高務實隱隱覺得，布日哈圖或許已經有了這樣的計劃。說不定，他在放棄葉爾羌西進的時候就已經打定了這樣的主意，否則很難解釋他竟然會讓察哈爾本部完全不與明軍接戰。
不與明軍接戰隻有兩種可能：一是布日哈圖確定蒙軍完全不是明軍對手，接戰純屬送人頭；二是布日哈圖要保存實力，將察哈爾本部用於更關鍵的戰鬥中去。
高務實認為，雖然不能完全排除第一種可能性，但顯然第二種可能性要高得多。那麼，布日哈圖保留察哈爾本部的實力，卻讓葉爾羌黑軍和瓦剌殘部去消耗明軍，目的還能是什麼呢？當然是拿下布哈拉，繼而拿下希瓦、哈薩克，統合中亞三國。
有了這樣的判斷，再仔細研究了劉綎的奏章後，高務實決定召集內閣在京閣老與戶部、兵部堂上官，召開“內閣擴大會議”進行深入討論。
在經過一番激烈的辯論後，高務實提出了自己的看法：“西域之穩定對我大明而言至關重要，安集延作為西域之門戶，其戰略地位不言而喻。劉綎要求加強安集延防禦的請求是合理的，我們應當給予必要且足夠的支持。
至於是否追擊布日哈圖，本閣部認為應當謹慎行事。布日哈圖雖然野心勃勃，但他的行動也給了我們鞏固西域的機會。我們應當利用這個機會，先加強安集延的防禦，完成和鞏固我們的西域計劃，然後再對布日哈圖之動向保持密切關注，等待時機合適，再做進一步決策。”