元龜二年（一五七一年）九月十一日接近日暮之時，真田昌幸對向山久兵衛說：“既然這樣，隻好采取最後的手段，否則彆無他法。”“我也這麼想。今夜就把一切弄好吧！”久兵衛轉頭看一眼僧坊說。到了將近黃昏時，各處的僧坊升起了炊煙，並且傳來煎魚的味道。“實在太令人失望了！”久兵衛想起這一天從早上到現在所發生的事，把怒氣發在煎魚的味道上，他並不是為對方是僧侶卻吃魚肉的事感到失望，而是因為他和昌幸兩個人從早就一直警告對方，如果不防備信長的來襲，事態會很嚴重，然而叡山的和尚們竟完全不做準備，令他嫌惡到極點。昌幸和久兵衛在形式上透過正覺院豪盛和滿盛院亮信，向天台座主曼珠院門跡覺恕轉達了叡山的危機。覺恕接受了昌幸和久兵衛的話，說出叡山要滅亡的話，因此豪盛和亮信相當吃驚。天台座主覺恕的一句話，叡山的法燈要熄滅了，更加令叡山的堂塔寺社的主子們擔心。他們紛紛下令各個寺社的和尚備戰。可是，和尚們並不聽他們的話。“甚麼？信長要來攻打？傻瓜，信長怎麼會像呆子一樣的來攻打叡山呢？攻打叡山就等於是把刀刃指向天皇，信長應該不會做這種事的。從去年信長本來打算攻打叡山，結果卻撤退的證據看來，這個事情已經很明顯了。”有和尚這麼說。“叡山是我國有史以來的一個聖地，曾經有戰火逼近過，卻沒有被戰火燒毀過。”也有人這麼叫嚷。“雖然不知道信長的軍隊是要來一萬還是兩萬，可是還是要迎戰啊！既然要迎戰，就必須有所準備。首先必須準備好武器，同時也要買兵糧存起來。上麵的人可有考慮到這一點嗎？如果沒有甚麼準備，隻說要迎戰，我們可沒有那麼厲害啊！”這個說法是指要戰爭就先拿出軍用資金的意思。因為去年淺井、朝倉被信長的軍隊所逼逃到叡山時，叡山曾向他們要求巨額的藏匿費，這些和尚想到這一點，所以這麼說。不過這次在根本上與淺井、朝倉的場合不同，叡山自己本身成了信長攻擊的對象，雖說和尚們的堂坊被攻打，可是上層動搖的話，叡山就一定會陷落的。僧徒們任意的批評著，關於這件事，並不是隻靠聽上麵的命令就不會發生戰爭。將近黃昏的時刻，正覺院豪盛的手下去打聽織田軍的動向回來了。“信長把本營設於山岡玉林所，今晚就停宿在那裡，很多兵都嘴裡念著明天下午可以進入南方（大阪）。”豪盛聽了這個報告，稍稍安心了下來。“根據我們探子所探得的消息，完全看不出信長要來攻打我們的跡象，是不是武田那邊的探子弄錯了呢？”豪盛對昌幸說。“同樣的話說再多次也沒有用，叡山要怎麼做，請便吧！”昌幸和久兵衛相偕離去，下了叡山、來到阪本。他們要來看看街上的情形。來到了昨夜停宿的大津屋一看，有十人左右的武裝和尚，嘴裡不知在叫嚷甚麼，店主為難地與他們應對。“明天信長就要率三萬大軍進阪本來攻打叡山了，我們打算拚著老命守護叡山。這個店是托叡山的福才得以繁榮的，因此在這個時候施舍一些也是當然的。來，快一點拿出這個單子上所列的東西，不拿出來的話，就把店當成與信長私通的證據，要把它燒了喔！”每個和尚手裡都拿著薙刀，用白布蓋著頭部。有一個穿著從前叡山僧兵的服裝，像是這一群和尚的頭目，把薙刀的刀柄用力往下一敲，其他的和尚們也模仿他的動作，紛紛把薙刀往下一敲。頭目威脅過店主後，壓低聲音說：“嗯！老板，我們所說的並不是假話，如你所知，武田信玄和叡山交往得很密切。這次是武田信玄的左右手真田昌幸這個大將來告知信長決心攻擊叡山的。”因此，和尚要店主捐出所有的東西來幫助作戰，可是店主仍然不肯，那個頭目就握住薙刀的刀柄，把刀高舉起來，大叫：“啊！喔！”其他的和尚也大聲附和著。昌幸和久兵衛對看了一眼。惡僧們利用信長要來攻打的消息來敲詐，甚至還舉出武田信玄和真田昌幸的名字，實在萬惡至極。他們兩個人在阪本街上繞一圈，發現到處有惡僧們用同樣的理由向百姓勒索，整個街上鬨哄哄的。昌幸心想，這種情形一定會傳到信長耳裡，而堅定他攻擊叡山的決心。昌幸和久兵衛在黑暗中爬上石階，回到當天夜裡停宿的僧坊。市川十郎右衛門手下的人和昌幸所帶來的人都聚集在那裡，總共加起來一共十八名，大多作庶民的打扮。“大概都調查好了吧？”昌幸說，大家都點點頭。昌幸在這一天早上，曾經把手下的人分成四組，分彆給與任務。第一組要去確認脫逃的路；第二組要研究如何帶天台座主覺恕出來的方法；第三組要去叡山的堂塔寺社，在兩千餘名和尚當中，找出有知識、有眼光的，不問老少，都要把危急的消息轉告他們；第四組則要去探索信長的動向。第四組當中有三名因為要監視信長的陣營，因此尚未回來。第一組組長橫山總兵衛在回答昌幸的詢問之前，打開地圖說：“叡山的範圍相當廣大，堂塔寺社分散在整個山中。信長如果要攻打，會先以一隊人馬包圍東邊的延曆寺，同時，以彆隊圍攻西邊距離二十丁左右的根本中堂。阻斷了延曆寺與根本中堂的聯絡，其他的堂社也無法防禦了。信長的軍隊就控製通往其他堂社的道路，把逃走的僧徒一步步逼往山上。因此，要帶座主公從大原敦賀街道穿過根本中堂逃往京都，就必須在信長的軍兵尚未到來之前，也就是今天夜裡進行。本來是還有其他的山道，可是對老僧而言，太過勉強了。”“你是說用儘力量也好，一定要在今晚把座主公帶出來嗎？”昌幸問。“是的，接下來……”橫山總兵衛轉頭看第二組組長望月八郎太那邊。望月沒有準備地圖，用口頭說明道：“座主公每晚都在本堂讀經讀到很晚，陪伴的僧侶有兩名。這兩名都是相當認真的僧侶，儘心儘力做到僧侶該儘的本分。我們打算向他們說明今夜或許會出大事的情形，並且告訴他們，我們先勸座主公逃往京都，如果座主公不同意，就把他扛出去。陪僧大概會默默跟隨我們出來，可是萬一對方吵吵鬨鬨、甚至反抗我們，我們也會儘全力把座主公帶出來。時刻是在醜時。”昌幸大為點頭後，把目光移向第三組組長林茂兵衛身上。“能稱得上名僧智者的僅有三十名左右，其他一心一意邁向僧道的年輕僧侶大約一百名左右，這些年輕僧侶當中，有為叡山的腐敗而歎息的。我與橫山總兵衛公商量，把緊急情況的逃離道路教給那些年輕的僧侶們。我教他們明天早上不要待在寺裡，要出來外麵，當織田軍攻打上來時，就儘早逃到山裡，走山道逃到三石嶽。接著我們分手帶他們去八瀨。由於他們年輕，頭腦轉動得快，不但很明白我們所說的話，而且如果信長攻打過來，也會趁早逃走的。”“年輕的僧侶這樣就可以了，可是老僧怎麼辦？”“堪稱年老智者的僧侶們都是既頑固又瘦弱的，都說很感謝武田公的好意，可是此身願與法燈同時熄滅，我佛慈悲等等。到了緊急的時候，不知會不會逃出來。”昌幸聽了憮然。“還有正覺院豪盛公與滿盛院亮信公該怎麼辦？”久兵衛問昌幸。昌幸露出突然被問倒的表情。不論是豪盛或者是亮信，都不是他所想要救出來的僧侶，可是信玄既然下令他把他們救出來，他隻好非救不可了。“這兩個人的事是我昌幸的責任，對了，久兵衛也可以幫我吧？”接著昌幸向第四組組長中込馬之允詢問織田那邊後續的情形。“織田那邊派了一些人混進叡山，他們似乎也警覺到我們想救僧侶。我們不能大意，今晚救出座主公時要特彆注意。織田軍的動作並不特彆醒目，可是勉強要舉例的話，就是他們隨意說出要征伐南方的事。說出這些事的是步卒們，大將以上的人則知道叡山才是攻擊的目標。他們大概等天一亮就同時向山岡出發，兵馬以全速朝阪本進攻。我們從現在起也要出去監視了。”“好，明天早上織田軍如果有動向，偵測的人通通不要留在外麵，可以全撤回來。”昌幸商量過後續的做法後，就入睡了。他其實沒有睡著，隻是閉上眼睛而已。叡山靜寂無聲。昌幸在醜時（上午二時）前走向曼珠院，中途沒有人影，也沒有站崗的守衛。或許因為這是寺廟，所以不必特彆守衛，不過昌幸忍不住想到叡山已經滅亡的情形。曾經擁有僧兵的叡山，不隻有武力，也高掛著法燈，可是現在兩者都已經衰廢，信長的大軍一來，大概不需兩個小時，就可以攻下了。曼珠院本堂的走廊下出現幾名躲在那裡的黑衣人，其中一人輕輕向昌幸打個招呼之後，就對部下揮揮手。於是有兩名監視的留在外麵，其餘三名以輕快的身手進入本堂。本堂裡點著燈。不一會兒，本堂裡傳來兩、三個人聲，不過馬上歸於安靜。這時抱著老僧的人出現了，在他的後麵，是兩個年輕的九九藏書網僧侶，嘴裡咬著馬口鉗，雙手被綁在後麵。監視的人向黑暗中揮手，對麵就走出來幾名橫山總兵衛的手下，簇擁著座主和兩個陪僧，消失在森林裡。“那些人很粗魯啊！”向山久兵衛在昌幸的耳邊囁嚅著。“緊急的時候情非得已。”昌幸這麼說著，抬頭看天空。距天亮還有一段時間，兩人暫時回僧坊，等待橫山總兵衛的報告。到了卯時（上午六時），橫山總兵衛回來報告了。天空開始出現魚肚白。“座主公和兩名陪僧穿過根本中堂，下到大原敦賀街道，由來迎接的市川十郎右衛門的手下守護到京都。”“中途沒有發生甚麼事嗎？”“沒有，不過有探子似的人影一直跟隨在前後。”“唔，那麼……”昌幸正要走出僧坊時，有個黑影以子彈似的速度在晨曦微現中衝了進來。原來是中込馬之允。他看到昌幸，馬上跪下一膝說：“做記號的狼煙剛剛升了上來，織田信長已經率全軍向阪本出發了。”天開始亮了。怪鳥發出尖銳的叫聲劃破清晨的寧靜，然後消失在森林中。“辛苦了，從現在起要開始忙了，你們能幫忙吧？”他所謂的你們，是指在那裡的向山久兵衛、橫山總兵衛、中込馬之允等。昌幸確認了他們的服裝後，回過眼來看自己的服裝。昌幸已經改掉商人的打扮，回到武士身分了。昌幸去正覺院豪盛那裡，久兵衛則去滿盛院亮信那裡。這兩個人都不住在寺裡，而在獨立建的一戶僧坊裡，裡麵有女人、小孩。昌幸告訴豪盛危急時刻已至，可是豪盛還是不相信，中込馬之允就把已經升起狼煙的事告訴他。橫山總兵衛並告知座主公已到達京都了，豪盛那傲慢的臉才收斂，說：“是嗎？已經到了這個地步了嗎？抱歉，我不知道事情已經這樣，現在馬上去準備，請等一下……”他說著，慌忙就要進房。“沒有時間了，信長的騎兵隊馬上要攻打來了，他們要先包圍這裡，接著阻擋各道路。你不必帶甚麼東西，身上穿甚麼就這麼穿著，馬上出發吧！否則我很難保證你的活命。”昌幸的話發生了效果，家裡馬上大騷動起來，到處傳來女人與小孩的哭叫聲。“慢吞吞的人就留下來，本來這裡就是佛教聖地，不應該有女人、小孩的，即使有，我們也不能管。”昌幸故意大聲說得讓內室聽到，豪盛雙手合掌對昌幸說：“請慈悲、請慈悲……”昌幸沒有回答，對橫山總兵衛下令：“走剛剛的山道去京都！”叡山的僧侶們聽到豪盛的僧坊和亮信的僧坊吵鬨的聲音，紛紛從睡夢中驚醒過來，瞪大了眼睛。有的人一聽說信長的軍隊攻打來了，就馬上準備逃跑；也有的人拿著薙刀走出庭院，任意地揮舞。“座主已經逃掉了！”“正覺院豪盛公和滿盛院亮信公也逃走了啊！”有人叫著。叡山整個騷動起來，昌幸和久兵衛為了避免受到連累，就退到三石嶽，按照原來商量好的，把逃脫的方向告訴逃過來的智者與學僧們。三石嶽下麵是八王寺山，也有一個神社。來到這裡就可以把下麵的情形看得很清楚了。等豪盛逃走後一個鐘頭左右，織田軍的五百騎先鋒隊就來包圍住延曆寺了。織田的軍隊陸陸續續到來，先阻斷了堂塔寺社的交通。信長在完成包圍並阻斷了交通後，下令在所有的堂塔寺社僧坊放火，而且見到有逃出來的人，不管是誰，格殺勿論。日本曆史上罕見的殺戮開始了，各堂塔寺社一起同時著火。叡山的惡僧兵以為信長包圍寺之後會來交涉休戰的事，可是當他們知道猜錯了以後，就拿出武器出去外麵與信長的軍馬對抗。可是，他們本來就是烏合之眾，也沒有甚麼武器，不久就被打得落花流水。沒有武器而從燒起來的寺社逃出的僧侶們，也通通被殺。僧坊裡更是悲慘。尖叫著想逃走的女人以及小孩子們通通被殺掉。躲在僧坊裡的人被火燒死；逃到森林裡的女人們被兵抓住加以淩辱後再殺死。瘋狂的軍兵們愈來愈狂暴，在叡山繞來繞去，殺死所有活著的人、燒掉所有的建築物。隻剩下一條唯一能逃生的道路。還沒有死的女人小孩就朝八王寺山逃去，可是卻無法再往前走，因為山頂上的社殿附近擠滿了人。有一隊織田軍包圍了這裡，一次逮捕五、六百名女子、小孩，把他們拉到信長麵前，這時，年老的寺男走了出來說：“拜托，拜托！”寺男的聲音很大，因此信長就叫人把寺男帶到他麵前。寺男在信長麵前也不畏懼地說：“這些人沒有甚麼罪，女人們全都是那些誤入歧途的和尚花錢買來的。孩子們則是這些女人們生的以及買來的。請放了他們。”信長問那個寺男：“你在寺裡服務幾年了？”“今年是第四十二年了。”寺男一麵答，信長就大聲說：“放四十二槍把這個男的處磔刑！”信長說著，眼神相當冷靜。接著，信長又說：“在我的麵前把這些女人、孩子們的頭砍下來，一次三十個人。”這一句話就決定了女子與小孩的命運。他們哭著、叫著，每三十個人排成一列被砍下了頭。“我們雖然死在這裡，可是我們的鬼魂一定會向信長報複的。明白嗎？信長好好聽著！你最後一定會死於非命！”有女人這麼叫著而死，信長假裝完全沒有聽到，死刑依舊進行著。一直到日落西山，一切才結束。五千人的屍體遍布叡山。天黑以後，昌幸和久兵衛出現在行刑現場。“信長是不是瘋了？”久兵衛走在遍地無頭屍體當中，說道。“不，沒有發瘋。他是很清醒的在進行這個殘酷的行為，他認為那樣能促進天下早日統一。”兩個人走在被燒毀的大伽藍旁。大地還繼續在冒煙，有男男女女像蒼蠅一樣在燒過的灰燼中找金子；也有男人在互搶一件從燒掉的僧坊裡找出來的衣服。織田軍撤退後，這些人是從哪兒來的呢？有個男人抱著五把被殺死的和尚所拿的薙刀。“喂！你拿這些做甚麼！”那個人被昌幸責問後，說：“我撿戰後留下的東西，應該不會受甚麼人的責備才對……”他一副戰爭已經結束，這些東西都屬於他的表情。也有人剝下死去和尚的衣服，以及被殺死的女人衣服，屍體最後都被脫得精光了。到了晚上，有更多手裡提著燈籠的人們蜂擁而至。“托信長公的福，我們可以存了不少東西。”兩個老太婆雙手抱著從死人身上剝下來的衣服說著。“簡直就是地獄，曾經有善良的智者在這裡說極樂淨土的道理，沒想到卻成了地獄。”昌幸轉頭對久兵衛說。兩個人走夜路去京都。市川十郎右衛門一看到他們兩人，就說：“辦得好！我已經把二位的功勳寫報告回古府中了！”昌幸擔心座主及豪盛、亮信的事，就問十郎右衛門。“不要擔心，他們今晚在京都住一夜，明天打算由堺港走海路到駿河。”十郎右衛門說著，先說關於這件事他有所報告與商量，接著就說：“不管怎麼勸說，天台座主覺恕公都說不離開京都。我和信虎公商量過了，他說讓座主公在京都待一陣子，以後再讓他去駿河。現在決定暫時讓他住在今出川大納言晴季公那裡。”“那太好了，如果想帶他走，隨時都可以，因此還是依他的意願好了。不過，這如果是信虎公的指示……”昌幸在腦子裡體察著信玄的心情。“不要擔心這件事，我已把這件事當成我自己的想法報告給主人知道了。不過，問題是那些女人孩子的處置，其中也有絕世的美女，該怎麼處置這些女人和孩子們呢？”十郎右衛門詢問昌幸的意見。其實他不是詢問，他在心裡已經決定了方法，隻是想問問昌幸的意見，昌幸也了解十郎右衛門的心意。“這不是由我們來決定，而是由僧侶們來決定的吧？如果他們想把女人小孩帶走，我們可以讓她們同船，不過僧侶們會受甚麼毀謗，就不是我們所能知道的了。”昌幸說得很清楚。“畢竟你也是這麼想，那麼就依這樣行事吧！”從叡山逃出來，現在住在武田屋館接受保護的一行人，有僧侶及女人、小孩共計六十多人。這些人於翌日離開京城到堺港，再搭船至駿河。一行人抵達駿河府中，分宿到各個寺裡，等待古府中下命令來。信玄對於叡山正覺院僧正豪盛與叡山滿盛院權僧正亮信等一行，能自信長手裡逃出，並走海路來到駿河的事感到非常高興。他很快的派出使者，帶慰問的金錢物品去見對方。“回頭我會通知你們複興叡山延曆寺的事，請稍等一等。”信玄的本意是想複興延曆寺，他想在甲斐國的某個地方複興延曆寺，把天台座主覺恕招攬過來，把傳統的天台宗本山移到甲斐國。等這件事傳遍整個日本國時，國民就會知道信長燒光叡山並殘殺僧侶，而信玄救出名僧智者複興延曆寺，這兩個人馬上就會重新獲得評價。信玄派使者去身延山久遠寺，要他們把久遠寺讓給延曆寺的僧侶們，以圖延曆寺的再興；而信玄會在信濃國中野建一個大約是現在久遠寺三倍大的大伽藍給日蓮宗本山的久遠寺，因此要他們趕快退出現地，先分散到各個日蓮宗寺，等待中野的寺建好。信玄認為要帶天台座主覺恕過來，隻能用這個方法，他在下令久遠寺遷出的同時，把在京都的覺恕用海路招到駿河。日蓮宗本山久遠寺接獲消息如同晴天霹靂，他們不明白信玄的真意，就派使者去見古府中的信玄。當他們確知信玄的心意已堅，就圍著自古府中歸來的使者協議了數日，最後一山之眾全部集合到祖師堂，在日蓮的木像前開會。這個會議進行了八天七夜，參加的人數多達七千，而大家一致反對遷移，沒有一個人例外。信玄派出的使者連續走訪久遠寺，要他們早日退出。一山的僧徒信徒七千人當著使者的麵，割下小指頭，在反對遷移的請願書上蓋指印。這些請願書共收在大小九百九十九個箱子裡，讓牛拉到古府中去。這一切完成後，聚集在久遠寺的僧侶以及信徒一齊絕食抗議。與久遠寺關係親密的穴山信君看到這件事情這麼重大，就向信玄諫言。信玄靜靜的聽著信君的話後，隻冷冷的說了一句：“我的力量比不上佛法；信長則贏過了佛法……”信玄一定是在比較信長能滅亡誰也無能為力的叡山，而自己卻連要久遠寺遷移的力量都沒有。信玄本來與覺恕等約定要複興叡山，不過以後看到豪盛連小孩女人都帶出來，以及聽到民間盛傳叡山被信長滅亡是破戒和尚在極儘亂行之後所應受的天譴這個傳聞，他想在甲斐國複興延曆寺的心情就逐漸淡下來了。三名從叡山帶出來的高僧，就這樣留在駿河。“九月十二日包圍叡山，從根本中堂、三王、二十一社始，至靈社、靈佛、僧坊等，一時之間如雲霞飛揚般地燒儘，經卷儘成灰燼，極其哀憐。山下男女老少不知何方可逃，空手赤足逃往八王寺山，藏身寺內。諸兵自四方圍攻，一一砍下僧侶、稚子、智者、上人頭顱，讓信長過目。山頂之高僧、貴僧、智僧，以及美女、稚子，不計其數的一皆被捕，送至信長麵前。有人挺身信長禦前求饒，曰惡僧固然可殺，但其餘可憫，請求信長救命，然而終是難逃殺戮，無一幸免。地上陳屍數千，慘不忍睹。”